PLOS ONE. 2013;8(2):e55864. doi: 10.1371.

Rapid Genome Mapping in Nanochannel Arrays for Highly Complete and Accurate De Novo Sequence Assembly of the Complex Aegilops tauschii Genome.

Hastie AR, Dong L, Smith A, Finklestein J, Lam ET, Huo N, Cao H, Kwok PY, Deal KR, Dvorak J, Luo MC, Gu Y, Xiao M.

背景

1. 植物拥有巨大的基因组，大量的重复序列。这对于目前的测序技术依然是个严峻的挑战，利用 NGS技术依然无法产生足够大的contig来克服重复序列带来的困扰。

2.  BioNano技术平台产生的荧光标记大片段DNA分子可以很好的改善这@问题。本文利用该技术可以快速将节节麦（Aegilops tauschii ）的2.1M高重复区域的组装完整性由75%提升到95%。

研究方法

1.  从27个BAC克隆分别抽取DNA混合。

2.  BioNano建库测序。

3.  454建库测序。

4.  数据拼接，基因组组装优化。

5.  利用SNapshot 方法进行验证。

结果分析

1. 得到2.1M区域的完整基因组图谱，并用snapshot 验证得到@致结果。

2. 将BioNano得到的基因组图谱与NGS拼接得到的contig序列比较，发现contig序列存在各种类型的错误，这些错误被证实是由于NGS数据覆盖度不够，重复序列对NGS数据拼接干扰等因素造成的。

3. 利用BioNano数据修正后得到更加可靠的拼接结果。

参考文献

[1] Lam ET, Hastie A, Lin C, Ehrlich D, Das SK, Austin MD, Deshpande P, Cao H, Nagarajan N, Xiao M, Kwok PY.   Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly.  Nat Biotechnol. 2012 Aug;30(8):771-6.

[2] Das SK, Austin MD, Akana MC, Deshpande P, Cao H, Xiao M.   Single molecule linear analysis of DNA in nano-channel labeled with sequence specific fluorescent probes. Nucleic Acids Res. 2010 Oct;38(18):e177. doi: 10.1093/nar/gkq673. Epub 2010 Aug 10.