表观遗传修饰不仅发生在基因组层面（DNA甲基化），同样在转录组层面也有表观修饰，并且其中重要的转录后调控功能。早在四十年前，人们就发现信使RNA上存在着腺嘌呤上的甲基化修饰（m6A）。这种m6A修饰非常普遍，出现频率大约是3-5个残基/mRNA。m6A甲基化修饰是可逆的，而且可能受到了动态调控。m6A的甲基化和去甲基化受到甲基化酶复合体METLE3，METLE14，WTAP和去甲基化酶FTO调控。m6A在人类和小鼠的转录组中非常保守，这说明这种修饰很可能具有重要的功能。m6A与mRNA剪切，生物钟调节，mRNA的稳定性相关。此外，m6A通过招募YTHDF2诱导mRNA从翻译中的核糖体转移到细胞质的P-body，并在那里被降解。而且mRNA的降解程度与其甲基化位点数有关。

对于mRNA甲基化的检测，目前采用：甲基化mRNA富集并结合高通量测序（MeRIP-Seq, m6A-specificmethylated RNA immunoprecipitation with nextgenerationsequencing）的方法。MeRIP -Seq的原理是：由于在哺乳动物中mRNA甲基化@般发生在腺嘌呤的第6位氮原子上，所以可通过特异性结合m6A抗体富集高甲基化的mRNA片段，并结合第二代高通量测序，对富集到的mRNA片段进行测序，从而检测全转录组范围内的甲基化位点。