宏基因组shotgun方法测序，是对特定环境样品中的微生物群体基因组（尤其是那些种类众多的难于培养的微生物），进行序列测定和功能基因的发掘，来分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。

目前宏基因组学研究在发现新基因，开发新的微生物活性物质，研究微生物群落结构及功能方面得到广泛的应用，宏基因组测序技术为微生物的研究和发展提供了很好的策略。

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