应用案例

1. 单细胞全基因组测序服务

Cell. 2012 Mar 2; 148(5): 873-85.
Single-cell exome sequencing and monoclonal evolution of a JAK2-negative myeloproliferative neoplasm.Hou Y, Song L, Zhu P, et al.
 
肿瘤细胞的异质性为推断克隆演变和推动基因鉴定提出了挑战。在此，我们发现一种方法来在单细胞核苷酸水平上分析肿瘤基因组。为了实现我们的研究，首先使用两个淋巴母细胞单细胞，来设计和验证了单细胞高通量全基因组测序方法。然后我对JAK2阴性的骨髓增殖性肿瘤患者的90个细胞进行单细胞全基因组测序。其中58个细胞的测序数据通过了我们的质量控制标准，并且这些数据表明此肿瘤代表了单克隆的演变。我们进一步确定了可能参与了肿瘤进程的原发性血小板增多症（ET）相关的候选基因突变，例如SESN2 和NTRK1。此初步研究实现了在单细胞核苷酸水平上，完成与疾病相关的遗传结构的鉴定。此外，我们建立的单细胞测序方法，为进一步研究多种肿瘤类型开辟了道路，包括那些与患者之间有高度基因复杂的。
 
结果分析

所有捕获的基因及其中扩增失败的基因              基因生物类别扩增失败率的相对分布
Figure 2.通过单细胞测序定性两个HY细胞

Figure 5. ET 病人的关键基因鉴定（18 ET 候选基因的驱动基因预测分析表示为Q值）

2. 单细胞转录组测序服务
 

Nat Biotechnol. 2012 Aug;30(8):777-82.

Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individual circulating tumor cells.

Ramsköld D, Luo S, Wang YC, et al.

全基因转录组分析通常用来监控组织、疾病和细胞特殊类型的基因表达，但它已经向单细胞的遗传表达谱发出了技术挑战。在此，我们建立了一个稳固的mRNA测序流程（Smart-Seq），可以应用在单细胞水平。与现存的方法比较，Smart-Seq能提高转录组的序列覆盖度，这增强了替代转录异构体和单核苷酸多态性的鉴定的详细分析。我们通过评价Smart-Seq在总RNA一系列稀释量的数据来确定它在单细胞转录的敏感度和定量准确度。我们发现虽然从单细胞的基因表达增加了信噪比，但仍可以从每种细胞类型的少量细胞中辨别出几百种不同的表达基因。将Smart-Seq应用到恶性黑色素瘤的肿瘤细胞中，我们辨别出了包括恶性黑色素瘤细胞哦在内的不同基因表达模式。我们的这一方法对解决，需要少量细胞、全基因转录组分析的基础生物学问题是非常有用的。

Smart-Seq分析癌细胞转录和转录后

单细胞Smart-Seq序列匹配到NEDD4L基因的位置

参考文献

[1] Hou Y, Song L, Zhu P, et al. Single-cell exome sequencing and monoclonal evolution of a JAK2-negative myeloproliferative neoplasm. Cell. 2012 Mar 2;148(5):873-85.
[2] Ramsköld D, Luo S, Wang YC, et al. Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individual circulating tumor cells. Nat Biotechnol. 2012 Aug;30(8):777-82.
[3] Adiconis X, Borges-Rivera D, Satija R, et al. Comparative analysis of RNA sequencing methods for degraded or low-input samples. Nat Methods. 2013 Jul;10(7):623-9.
[4] Levin JZ, Yassour M, Adiconis X,et al.Comprehensive comparative analysis of strand-specific RNA sequencing methods. Nat Methods. 2010 Sep;7(9):709-15.