链特异性转录组测序（strand-specific RNA sequencing）是指在构建测序文库时，利用Illumina高保真Taq酶将mRNA链的方向信息保存到测序文库中。测序后的数据分析可确定转录本是来自正义还是反义DNA链。与普通转录组测序相比，它更能准确地统计转录本的数量和确定基因的结构，同时可以发现更多的反义转录本，目前被广泛地应用于研究基因结构和基因表达调控等领域范围。

应用方向 

1） 模式生物基因结构分析：

模式生物已经有完整的基因注释信息，但是实际研究中存在个体差异性。利用链特异性转录组测序可以对个体表达基因的结构进行深度分析，对基因进行重注释。

2） 差异基因准确分析：
能针对不同转录方向的基因进行精确的表达量统计及差异表达分析，从而推断出与功能状态变化相关联的候选基因，揭示差异基因的功能分类和相关代谢通路。

3） 原核生物操纵子分析：

对原核生物的链特异性转录组分析，能更加准确地进行操纵子鉴定和分析。

技术优势:

1） 精确度高：文库制备和测序过程中保留了RNA方向信息，有效数据增多，从而使基因表达定量更加准确。与基因组和参考基因组的比对结果，其链特异的结果均相近或稍高于非特异性结果。
2） 丰富度高：准确发现反义转录本，获取更多转录本相关信息，进行鉴定分析。