均一化cDNA文库是指某一特定组织或细胞的所有表达基因均包含其中，且在cDNA文库中表达基因对应的cDNA的拷贝数相等或接近。构建均一化的cDNA文库的主流方法是基于基因组DNA在拷贝数上具有相对均一化的性质，通过cDNA与基因组DNA饱和杂交而降低在文库中高拷贝存在的cDNA的丰度；均一化处理后文库的高丰度表达 cDNA 是处理前的0.3%～2.5%，基本满足节约筛选的要求。

均一化cDNA文库具有以下4方面的优点：

1） 在经济上具有广泛的应用空间，可以节约大量试验成本。

2） 增加克隆低丰度mRNA的机会，适用于分析各种发育阶段或各种组织的基因表达及突变检测。

3） 与原始丰度的mRNA拷贝数相对应的cDNA探针与均一化的cDNA文库作杂交，可以估计出大多数基因的表达水平及发现一些组织特异的基因。而以往的文库构建，忽略了mRNA丰度的影响。

4） 可以用于遗传图谱的制作和进行大规模的原位杂交，作为优化的文库系统还可以用于大规模的测序或芯片制作等研究。