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新物种de novo 转录组测序－新物种de novo 转录组测序
Chaozheng Li, Shaoping Weng, Yonggui Chen, et al,. Analysis of Litopenaeus vannamei Transcriptome Using the Next-Generation DNA Sequencing Technique. PLoS ONE, 2012, 7(10): e47442.
本研究是首次应用二代高通量测序（Solexa/IlluminaGA II ）的方法来分析凡纳滨对虾（Litopenaeusvannamei）幼体转录组。先对其进行转录组测序、拼接组装，再用生物信息学的方法对得到的unigene进行功能注释和功能分类。测序到了多于2.4Gb的原始数据，用SOAP denovo软件组装到109,169 unigenes，平均长度396bp。高质量的73,505 unigenes(>200 bp) 被用来注释分析，其中37.8%match到NCBI Nr 数据库，37.3% match到Swissprot,44.1% match 到 TrEMBL。用BLAST 和BLAST 2 Go软件，11,153 unigenes被归类到25组同源蛋白组，8171 unigenes被分配到51个GO功能组，18,154 unigenes分成220个KEGG pathway。为了初步验证组装和注释的结果，用RT-PCR电泳和Sanger测序来分析与胚胎发育相关同源的12个组装unigene，并用实时RT-PCR在胚胎发育过程中进行表达模式分析。
用二代测序技术分析凡纳滨对虾丰富了它的基因组信息，也方便了我们理解甲壳类动物的基因背景，促进了凡纳滨对虾的研究。
技术路线
结果分析
凡纳滨对虾转录组测序和组装的数据情况
unigene的GO 分类图：8171 unigenes有45601 GO注释,分成3个类别:生物过程, 细胞组成, 分子功能。
参考文献
[1] Quan Zhang, Long Liu, Feng Zhu, et al,. Integrating De Novo Transcriptome Assembly and Cloning to Obtain Chicken Ovocleidin-17 Full-Length cDNA. PLoS ONE 9(3): e93452.
[2] Reeksting BJ, Coetzer N, Mahomed W, Engelbrecht J, van den Berg N. De Novo Sequencing, Assembly, and Analysis of the Root Transcriptome of Persea americana(Mill.) in Response to Phytophthora cinnamomiand Flooding. PLoS ONE 9(2): e86399.
[3] Deying Sun, Jiaqi Zhu, Lei Fang, et al,. De novo transcriptome profiling uncovers a drastic downregulation of photosynthesis upon nitrogen deprivation in the nonmodel green alga Botryosphaerella sudeticus. BMC Genomics, 2013, 14:715.
