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1. linked read sequencing解决胃癌转移中复杂的基因组重排问题

基因组重排是许多恶性肿瘤中关键的致癌驱动事件。然而，即使使用全基因组测序，癌症基因组重排的结构鉴定和分辨仍然具有挑战性。

本文研究者通过10x Genomics的linked-reads方法结合测序来鉴定致癌基因组重排。该方法依赖于微流体液滴技术，文库来自于大于或等于50kb的单个高分子量DNA分子。测序后，根据barcode序列将短reads拼接成长reads，从而提供长片段的基因组信息，识别单个高分子量DNA分子，分析在连续的兆碱基长度基因组片段上发生的基因突变的单体型，并描绘复杂重排的结构。研究人员将全基因组的linked read测序应用于同一个个体发生的一组同步转移性弥漫性胃癌的分析。

当比较转移部位时，发现转移性肿瘤中存在复杂的体细胞重排。而与此复杂重排相关的致癌事件导致了已知癌症驱动基因FGFR2的扩增。使用这些linked read数据进一步研究，FGFR2拷贝数改变被确定为一个经历串联重复的缺失-倒位基序，每个转移都具有独特的断裂点。同时研究人员使用三维有机体组织模型验证了胃癌中FGFR2扩增的转移潜力。

我们的研究表明，基于10x Genomics的llinked read测序可用于表征癌症转移中的致癌重排。

图：通过linked-read测序验证TN-19中的反向重排。

参考文献：Greer S U, Nadauld L D, Lau B T, et al. Linked read sequencing resolves complex genomic rearrangements in gastric cancer metastases[J]. Genome Medicine, 2017, 9(1): 57.

2. 10x Genomics应用于三阴性乳腺癌的基因组突变分析

三阴性乳腺癌（TNBC）细胞不表达雌激素受体、孕激素受体或人表皮生长因子受体2。目前，除了聚ADP-核糖聚合酶抑制剂外，对于这种类型的癌症几乎没有有效的治疗选择。

本文通过高覆盖全基因组测序与转录组和全外显子测序，介绍了TNBC基因突变的综合表征。

BRCA1基因沉默损害了TNBCs亚组中的同源重组通路，与BRCA1突变的肿瘤表现出相似的表型；他们富集了许多结构变异（SV），相对丰富了串联重复。克隆分析表明TP53突变和BRCA1启动子中CpG二核苷酸的甲基化是癌发生的早期事件。SV与驱动致癌事件相关，例如MYC、NOTCH2或NOTCH3的扩增和受影响的抑癌基因包括RB1，PTEN和KMT2C。此外，我们确定了推断的TGFA增强子区域。影响TGFA增强子区域的复发性SVs增强TGFA致癌基因的表达，其编码表皮生长因子受体的高亲和力配体之一。研究人员还确定了可以转化3T3小鼠成纤维细胞的多种致癌基因，这表明个体TNBC肿瘤可能经历可以靶向的独特的驱动事件。因此，本文揭示了TNBC的几个特征，具有重要的临床意义。

图：通过linked-read测序验证TN-19中的反向重排。

参考文献：Kawazu M, Kojima S, Ueno T, et al. Integrative analysis of genomic alterations in triple-negative breast cancer in association with homologous recombination deficiency[J]. PLoS Genetics, 2017, 13(6): e1006853.