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dafabet黄金手机版寄语

毫无疑问，IPA（ingenuity pathway analysis）是当前生命科学领域最先进的生物信息分析利器，可以对基因组、转录组、表观、蛋白组、代谢组、以及各类小规模实验数据进行分析，在数据深度挖掘方面都有它无与伦比的优势，可以超乎想象的节省您的查阅资料阅读paper的时间，深度高效的利用您的原始数据。

SO，dafabet手机黄金版接下来将推出IPA高级数据分析系列，内容涵盖疾病功能分析、信号通路分析、上游调节因子分析、调节效应网络分析、分子相互作用网络分析、时间剂量序列动态分析等，相信定能给各位科研君的研究加瓦添力！

IPA数据深度挖掘之生物学功能分析

分析特色

IPA功能分析，类似于GO分析，不同的是：（1）不仅能将基因富集到某种生物学功能，还能根据基因表达量的变化，预测相应功能的激活抑制状态；（2）信息更加全面，背景信息来源于数据库和实验验证的文献。

分析案例

科学问题：肿瘤细胞系用药物A处理后，从mRNA表达变化来看，药物A有没有抑制肿瘤的效果？

IPA基于差异表达基因进行功能分析，得以下结果：

生物学功能分析结果：

IPA用科学的算法计算每个功能的p-value 和z-score，通过这两个值富集到功能并判定功能影响。p-value≤0.05表示显著富集，z-score≤-2或≥2分别表示功能被抑制和被激活。

表1  功能富集结果

斑块图结果展示：

每个斑块代表一个功能，蓝色表示抑制，红色表示激活。

用药后，肿瘤特征相关的生物学功能cell death 功能预测为被激活（橙色），cell movement 功能预测为被抑制（蓝色），说明药物具有抗瘤作用。

图1 功能分析斑块图

功能-分子相互作用网络：

网络图直观展示数据集中功能相关的分子，及同时参与集中功能调控的分子。

图2 功能-分子相互作用网络

编后语

IPA功能分析最大的特色在于可以预测功能的活性状态和活性程度，为下游的功能实验提供很好的方向。当然每一个生物学功能的变化都有它特定的调节机制，相关的信号通路或分子调节机制网络，这些信息IPA都可以深度挖掘。

下期预告：IPA高级分析——cononical pathway分析，欢迎围观！