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表观遗传水平－ChIP-Seq
Warren A.Whyte, et al. Master Transcription Factors and Mediator Establish Super-Enhancers at Key Cell Identity Genes. Cell, 2013,153,307-319.
http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867413003929
研究背景
1.控制大多数哺乳动物发育的转录因子可以控制细胞类型特异性模式的基因表达，通过高通量测序技术，在哺乳动物中鉴定出400,000至1.4 million个增强子，如：有特定的组蛋白修饰的增强子。
2.建立和维持胚胎干细胞（ESCs）动态的基因表达依赖于少数几个主要转录因子，包括Oct4,Sox2,OSN(Nanog)等，与中间物复合体一起可以结合增强子，易于捕获RNA聚合酶II来作用靶基因的启动子区域。关于降低中间物水平可以模拟影响ESCs的Oct4水平的机制目前还不清楚。利用ChIP-seq技术,发现超级增强子具有影响大多数哺乳动物细胞类型中有识别作用基因表达的功能。
研究方法
1. 小鼠基因组DNA提取。
2. 极小量的Oct4 启动子扩增，荧光素酶表达构建。
3. 利用illumina平台，进行ChIP-seq测序。
4. 数据分析。
分析结果
1. 发现ESCs大量基因组结构域被主要的转录因子和中间物占据。如下图：展示了8794个ESC增强子集合中， H3K27ac, H3K4me1, DNaseI hypersensitivity, OSN正常的ChIP-seq 密度和信号分布图。
2. 超级增强子通常与主要细胞识别基因有关。图中显示出转录因子ESCs的OSN; pro-B cells 的PU.1; 肌小管的MyoD; T-bet in Th（T helper）细胞; 巨噬细胞的C/EB Pa 分别在 Esrrb, Inpp5d, Myod1, Tcf7, and Thbs-1的位置关系，以及统计3种细胞类型（ES,Pro-B (murine progenitor B)的典型增强子相关基因与超级增强子相关基因的韦恩图。
