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表观遗传水平－RRBS甲基化测序
Ziller MJ, Müller F, Liao J, et al. Genomic distribution and inter-sample variation of non-CpG methylation across Human Cell Types.PLoS Genet., 2011,7:e1002389.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3234221/
研究背景
1.DNA甲基化发育和疾病中起着重要的作用。脊椎动物的DNA甲基化主要位点是在CpG二核苷酸的胞嘧啶背景下，此类型大约占人类细胞和小鼠细胞的总甲基化含量四分之三。尽管我们对CpG甲基化的基因组分布、个体间的稳定性、功能作用有深入的研究，但是对CPA，CPT和CPC（非CpG岛）二核苷酸的DNA甲基化方面知之甚少。
2.利用RRBS测序，我们对人类多功能细胞和分化细胞的非CpG甲基化与76个基因组库的DNA甲基化图谱进行深入分析，确认了非CpG甲基化主要存在多能干细胞类型，与DNMT3表达水平存在很强的相关性，并且可能与CpG甲基化存在空间上的相关性。通过大规模代表性样本的研究，有助于我们进一步了解人类细胞中的胞嘧啶甲基化模式。
研究方法
1. 提取20种人类胚胎干细胞株、12种人类诱导多功能干细胞、10种不同人类体细胞DNA。
2. RRBS测序检测非甲基化。
3. 生物信息学分析。
分析结果
1. 人类不同细胞类型的CpG甲基化和分布情况。在40-260bp区域内，检测到3.4million CpG 二核苷酸和11.5million非CpG二核苷酸，与之前公布的hESC（human embryonic stem cells）株H1的WGBS数据库比较，两者重叠的CpG甲基化区域占很大部分，且非CpG甲基化程度都比较低。
2. 敲除DNMT3A基因，导致人类胚胎干细胞全面减少非CpG甲基化水平,而且CpA甲基化动态水平变化与DNMT3基因表达水平密切相关，降低CpA甲基化程度，同时会伴随着DNMT3A和DNMT3B基因表达水平下降。
参考文献
[1] Wang Hao, Matthew T,Qu Hongzhu,Widespread plasticity in CTCF occupancy linked to DNA methylation.Genome Research,2012, doi: 10.1101/gr.136101.111
[2] Ziller MJ, Müller F, Liao J, et al. Genomic distribution and inter-sample variation of non-CpG methylation across Human Cell Types.PLoS Genet., 2011,7:e1002389.
