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（内容来源：生信会客厅）

10X Genomics单细胞数据分析对电脑硬件配置要求比较高。上游分析软件Cell Ranger最低配置要求8核CPU+64G内存，推荐配置为16核CPU+128G内存，这显然不是个人电脑可以胜任的。下游分析使用R语言Seurat包时，10000个细胞的表达矩阵，8G内存的电脑就不能应付了。因此没有服务器的同学不用考虑上游分析，仅做下游分析最低也要16G内存的电脑。

R语言安装程序官方下载链接：https://cran.r-project.org/

1.windows版本选择红色箭头所示链接

2.点击后进入以下界面，继续点击红色箭头所指链接

3.点击后进入以下界面，继续点击红色箭头所指链接

注意：不要安装最新的R语言4.0版本，很多包还不提供支持！！！

4.点击后进入以下界面，继续点击红色箭头所指3.6.3版本

5.点击后进入以下界面，继续点击红色箭头所指3.6.3版本

安装文件下载后就是常规的windows程序安装过程了

Rtools的相当于R在windows中使用的一个补丁，我只在安装R包的时候遇到过rtools报错，其它时候没感觉到它的存在。官方解释如下：

Rtools provides a toolchain for Windows platform that work well with R. It mainly includes GNU make, GNU gcc, and other utilities commonly used on UNIX-ish platform. R statistical language & environment is that it is open source and cross-platform.

Rtools下载地址：

https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/history.html

下载箭头所示版本安装即可，注意以下安装界面：

红框标注的两个选项一定都要选择，第一个选项默认是没打钩的。
 

Rstudio的下载链接：https://rstudio.com/products/rstudio/download/

1.选择红色箭头所示链接

2.点击后进入以下界面，继续点击红色箭头所指链接

安装文件下载后就是常规的windows程序安装过程了

使用代码安装R包

1.打开RStudio，同时按住键盘上Ctrl+Shift+H三个键，切换到工作目录，逐行运行以下命令：

	install.packages("devtools", dependencies=T)install.packages("BiocManager", dependencies=T)install.packages("tidyverse", dependencies=T)install.packages('Seurat', dependencies=T)BiocManager::install(c("SingleR","monocle", "DESeq2"),ask = F,update = F) BiocManager::install(c("clusterProfiler","DOSE","pheatmap"),ask = F,update = F)BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","org.Mm.eg.db","org.Rn.eg.db"),ask = F,update = F)devtools::install_github('RGLab/MAST', upgrade=F, build_vignettes = T)library(Seurat)

3.输入y继续。安装过程中360安全卫士会提示病毒风险，选择信任即可。

至此，分析环境搭建完成！

本教程的目的在于把常用的单细胞分析流程串起来，适合有一定R语言基础的朋友参考。分析原理和代码官网有详细的教程和权威的解释，翻译好的中文教程也有多个版本，有兴趣的可以搜索一下。