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Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment, Cell, 2018.
本文研究人员从8名乳腺癌患者的肿瘤样本及配对的正常乳腺组织、血液和淋巴结样本中获得45,000个免疫细胞,开展单细胞RNA测序实验。利用SEQC流程、Biscuit算法等,对这些免疫细胞进行聚类和鉴定。
后期,研究人员又通过10x Genomics Chromium平台,对来自3个额外乳腺癌组织的27,000多个T细胞,进行配对的单细胞RNA测序和TCR测序。
最终,该研究获得了一份乳腺癌微环境中多种免疫表型的单细胞图谱,这份图谱反映了适应性和先天免疫系统在免疫细胞上的多样性,以及与周围组织相关的巨大变化。
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