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表观遗传水平－RIP-Seq
FEBS Lett. 2012 Apr 24;586(8):1101-10.
A new function of ROD1 in nonsense-mediated mRNA decay.
Brazão TF, Demmers J, van IJcken W, Strouboulis J, Fornerod M, Romão L, Grosveld FG.
RNA结合蛋白在翻译后调控基因表达中起着重要作用。PTB被归类为一种重要的剪切因子，并且在3′端有附加的功能和翻译。ROD1是一段含有四个RRM(RNA识别序列)区域的PTB旁系同源基因。在这里，我们发现了ROD1的无义介导mRNA衰变（NMD）的一个功能。我们得出ROD1和核心NMD的因子UPF1相互作用，并且共同调控大量靶基因。用一个记录系统，我们证明了与UPF1和UPF2相似，基因ROD1是已知的NMD底物失稳所需的。最后，我们通过RIP-seq展示了ROD1和UPF1与大量的普通转录组密切相关。
结果分析
ROD1 和UPF1共同调控大量基因. A –韦恩图显示出RNAi 抑制ROD1 或UPF1后，基因的上调和下调. B –韦恩图显示出RNAi 抑制ROD1或UPF1后的基因上调(潜在的NMD靶标). 区域与各自基因的数量成比例.
参考文献
[1] KönigJ, Zamack K, Luscombe NM,et al. Protein-RNA interactions: new genomic technologies and perspecives .Nat Rev Genet. 2012 Jan 18;13(2):77-83.
[2] Brazão TF, Demmers J, van IJcken W, et al.A new function of ROD1 in nonsense-mediated mRNA decay. FEBS Lett. 2012 Apr 24;586(8):1101-10.
[3] Murigneux V, Saulière J, Roest Crollius H, et al.Transcriptome-wide identification of RNA binding sites by CLIP-seq. Methods. 2013 Mar 30. pii: S1046-2023(13)00091-1.
[4] Saulière J, Murigneux V, Wang Z, et al.CLIP-seq of eIF4AIII reveals transcriptome-wide mapping of the human exon junction complex. Nat Struct Mol Biol. 2012 Nov;19(11):1124-31.
