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In-solution hybrid capture of bisulfite-converted DNA for targeted bisulfite sequencing of 174 ADME genes.
Nucleic Acids Res. 2013 Apr 1;41(6):e72. doi: 10.1093/nar/gks1467
Maxim Ivanov1, Mart Kals2, Marina Kacevska1.et al .
文章链接:http://nar.oxfordjournals.org/content/41/6/e72.long
此篇文章,作者向我们展示了在杂交捕获bisulfite-转化DNA,应用安捷伦靶向捕获系统的成功实例。作者制备了亚硫酸氢钠转换二代测序文库,来富集174 ADME基因的编码和调控区域。Illumina HiSeq2000测序显示出,此方法可以对所选基因区域的CpG位点的甲基化水平实现可靠地量化,并且通过焦磷酸测序和Illumina 450K甲基化芯片验证,显示出良好的一致性。
研究方法
Figure 2. 基因CYP2A6, CYP2D6, CYP2E1, GSTP1 and SLC22A1的DNA甲基化值的可视化图
不同基因区域的DNA甲基化值分布图
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