BMC Genomics. 2011 Jun 10;12:304. doi: 10.1186/1471-2164-12-304.

Identification of SNP and SSR markers in eggplant using RAD tag sequencing.
Barchi L, Lanteri S, Portis E, Acquadro A, Valè G, Toppino L, Rotino GL.

背景

1. 茄子种属于茄科是继马铃薯和番茄后第三个最重要的的茄科作物品种，它在世界各地均有栽培，但大部分集中在中国和印度。茄子基因组了解十分有限，只有1000个左右的SSR 标记没有SNP。

2.  利用Restriction-site Associated DNA (RAD) 简化基因组的方法，结合Illumina高通量测序技术可以快速和大规模的发现茄子的SNP和SSR标记，这些结果对茄子的基因组信息的补充和比较基因组方面研究提供许多帮助。

研究方法

1.  从两个品系（’305E40’;’67/3’）分别抽取DNA。

2.  Rad测序建库：酶切，加接头，打断，回收和定量。

3.  每个文库上illumina GAIIx测序（2 x 54bp）。

4.  数据拼接，注释，鉴定SNP和SSR。

5.  利用illumina GoldenGate 方法进行基因分型，完成后续遗传多样性分析。

结果分析

1. 305E40品系10.9M 序列得到28935个contig  67/3品系12.12M序列得到38941个contig，两者一致的contig是31635个。

2. 将茄子数据集（SM-I）与拟南芥做比对，再关联到GO数据集，其中24522个属于生物学过程；15137个属于细胞组分；12144个属于分子功能。

3. 鉴定出超过10000个SNP位点。

4. 利用验证后的高质量的343个SNP来研究不同品种的茄子样本，发现进化树呈现两个主要的分支，揭示了茄子的遗传多样性。

5. 鉴定出1855个SSR标记，其中主要特征序列（motif）是三核苷酸类型。

参考文献

[1] Baird NA, Etter PD, Atwood TS, Currey MC, Shiver AL, Lewis ZA, Selker EU, Cresko WA, Johnson EA. Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers. PLoS One. 2008;3(10):e3376. doi: 10.1371/journal.pone.0003376. Epub 2008 Oct 13.

[2] Barchi L, Lanteri S, Portis E, Acquadro A, Valè G, Toppino L, Rotino GL. Identification of SNP and SSR markers in eggplant using RAD tag sequencing. BMC Genomics. 2011 Jun 10;12:304. doi: 10.1186/1471-2164-12-304.