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科技服务 全基因组低覆盖度重测序
基因组层次研究服务－全基因组低覆盖度重测序
A genomic variation map provides insights into the genetic basis of cucumber domestication and diversity[J]. Nature genetics, 2013.
 
黄瓜源自喜马拉雅山南麓，本是印度境内土生土长的植物。野生黄瓜果实和植株都比较矮小，果实极苦。经过人类的驯化，黄瓜果实和叶片都变大，果实也失去了苦味，成为可口蔬菜，如今在世界范围内广泛种植。中国农业科学院蔬菜研究所的研究团队对3340个地点的115个黄瓜品系进行了重测序，并构建了包含360多万个位点的全基因组遗传变异图谱。研究了在人工选育中黄瓜所经历的瓶颈效应，并找到112个人工选育中候选选择清除区域。
 
 

技术路线

 
分析结果
 
发现水果类作物比粮食作物在人工选育的过程中遭遇更大的瓶颈效应
 
 
分析共发现330多万个单核苷酸多态性位点，33万多个小插入和删除，以及594个获得或缺失变异。基于这些数据，构建起一个单核苷酸分辨率的黄瓜遗传变异图谱。比较分析发现，印度类群遗传多样性远远超过其他3个类群，这一结果证实了印度是黄瓜的发源地。
 

 

本研究发现黄瓜基因组中有112个区域受到了驯化选择，包含2000多个基因（Fig a）。通过对三个分离群体的QTL mapping分析，确定其中4个区域控制果实的长度，三个区域控制叶片的大小 (Figb,c)。果实失去苦味的关键基因已明确定位在染色体5上一个442kb包含67个基因的区域内（Fig d）。

 
参考文献
 
[1] Abe A, Kosugi S, Yoshida K, et al. Genome sequencing reveals agronomically important loci in rice using MutMap[J]. Nature biotechnology, 2012, 30(2): 174-178.
[2] Qi J, Liu X, Shen D, et al. A genomic variation map provides insights into the genetic basis of cucumber domestication and diversity[J]. Nature genetics, 2013.
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