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单细胞测序样本制备指南——实体组织部分
发布日期:2023-02-06浏览:

单细胞测序(Single cell sequencing)是在单细胞水平对基因组、转录组及表观基因组水平进行测序分析的技术。单细胞测序技术以高灵敏度、高分辨率揭示细胞间的异质性,解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实,帮助解析疾病的发生机制,绘制细胞图谱等。纵观整个单细胞实验流程,样本的采集是开展单细胞实验的第一步,关乎后续实验能否顺利进行,新开源dafabet手机黄金版结合20000例单细胞测序样本的经验,总结出以下几点建议供广大科研工作者参考;

 

实体组织是单细胞测序实验中常见的一种样本类型,常见于患者切除的组织、实验模型动物的脏器组织等。以下内容为实体组织在单细胞测序的采样过程中,dafabet手机黄金版给出的几点建议:

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人体主要组织类型及细胞类型(Nature Communications, 2021)

 

一、样本采集

 

样本采集量:

① 新鲜组织:样本量≥0.2g(至少黄豆大小)

② 穿刺组织:不少于2条(直径≥1.5mm,长度1.5cm)

③ 极微量样本:联系技术支持,根据样本的病变情况,取样方式,寄送条件给予合理建议。

注:物种年龄大、病变程度高、钙化程度高的骨组织样本,由于组织中并非都是活细胞组成,所以需要视情况而定提供更多的组织。细胞总数>1×105 cells

 

样本采集注意事项:

① 取样一致:实验组与对照组样本的采集状态尽量保持一致。

选取临床组织的获取对象,需综合考虑饮食、烟酒习惯、药物、生物钟时间规律等多种影响因素;选取动物组织的获取对象,需综合考虑实验动物的品系、周龄/月龄、性别、饲养条件、健康状况、实验表型等多种影响因素;建议实验组样本与对照组样本的采集状态尽量保持一致,以尽可能降低其它未知因素对单细胞测序实验结果的影响。

 

② 取样准确:尽量剔除非目标组织,如多余脂肪、包膜;清洗去除血液残留

血液清洗:使用 1×DPBS 或生理盐水对取样后的组织样本即时反复清洗,尽可能去除血细胞。凝固的血液影响解离效果,血液中有有核细胞,裂红液无法去除血液样本中的有核细胞。

 

③ 保持湿润:取样后尽快转入组织保存液中。

样本在空气中长时间暴露,容易出现组织表面细胞的脱水死亡。对于直径偏小的组织,长时间暴露可能直接导致样本无法获取足够的单细胞悬液。例如:穿刺样本、活检钳取样的小直径颗粒组织。

 

④ 避免污损:避免化学试剂污染及热损伤。

如不可避免需使用激光刀、电刀等样本采集工具,应剔除热损伤部分;活检取样每次夹取的样本最好取大块,以减少细胞损伤,对后续实验造成不可逆的影响。

 

二、保存及运输

 

▪ 新鲜组织样本要求全部浸没于2~8℃预冷的美天旎组织保存液(Miltenyi,货号:130-100-008)中,并保持2~8℃环境。

▪ 建议置于装有-20 ℃冻结冰袋的泡沫盒中,用气泡袋做好样本和冰袋的隔离,避免组织冻结的情况,离体 48h 内运输至新开源dafabet手机黄金版开展单细胞测序实验。

 

希望本篇能对各位老师有所帮助,如果您对样本制备和运输还有其他问题,可随时联系我们。敬请期待下一篇哦!

 

参考文献:

【1】García-Pérez Raquel,Esteller-Cucala Paula,Mas Glòria et al. Epigenomic profiling of primate lymphoblastoid cell lines reveals the evolutionary patterns of epigenetic activities in gene regulatory architectures.[J].Nat Commun, 2021, 12: 3116.

 

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