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单细胞测序样本准备指南——特殊样本部分
发布日期:2023-02-09浏览:

单细胞转录组技术自问世以来,围绕人和小鼠等模式物种的常规组织的研究居多,随着技术的不断成熟和发展,单细胞转录组技术向非模式物种研究领域拓展是必然趋势。但一些特殊物种或组织往往会因为物种特性及其生存环境、组织结构复杂在样本制备环节面临着很多问题。

 

新开源dafabet手机黄金版结合20000例单细胞测序样本的经验,总结出一些单细胞测序中特殊样本(包括特殊组织、非模式动物等)的处理注意事项,旨在帮助广大科研同僚完成特殊单细胞样本的采样工作。

 

01

 

组织特殊

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

细胞脆弱:建议直接抽核获得单核悬液

对于细胞脆弱的组织,如肝实质细胞或成熟脂肪细胞,容易破裂,且细胞较大,通过酶解消化,很难拿到目的细胞比例较高的单细胞悬液,建议组织直接抽核获得单核悬液。

 

高脂肪含量:建议抽核

对于脂肪含量较高的组织,脂质密度低,所以解离离心过程中处于漂浮或者悬浮状态,不易沉底(未成熟脂肪细胞除外),离心弃上清及收集过筛之后成熟脂肪细胞容易去除,只有部分未成熟脂肪细胞在离心时能沉底富集,被上机捕获,但占比有限。

 

细胞异型:建议抽核,获取单细胞核悬液

对于细胞异型的组织,如肌肉、心脏、脑、神经等组织,由于细胞直径过大,不能通过微流控芯片,容易造成芯片管道堵塞,微滴生成失败,建议选用抽核的方式,获取单细胞核测序数据。

 

易降解:避免过度清洗,且不要长途运输

对于自身容易降解的样本,如胰腺(自身分泌酶液)、小鼠肠道(肠道含有消化食物酶)等,需注意避免过度清洗,且尽量不要长途运输,尽快消化上机。

 

高度损伤或病变组织:包含周围组织进行保护

既要考虑课题需要,又要保证组织良好状态(如:高度损伤或者病变的目标组织,取样往往需要更多组织量,包含周边区域组织进行保护。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

02

 

非模式动物

 

 

 

 

 

 

 

 

 

除常规物种人、猴,小鼠、大鼠等哺乳动物外,单细胞测序也广泛应用在淡水生物、海洋动物、爬行动物、两栖动物、禽类、昆虫、植物等(如:斑马鱼,水母,蛇,蛙类,鸟禽类,果蝇,寄生虫,水螅,拟南芥,作物,珍惜保护植物)诸多物种中,需要根据物种特性及其生存环境,在取样、保存及运输条件上进行调整。以下经验可供参考:

 

送样量:0.5cm3

特殊情况导致的样本难以收集,联系新开源dafabet黄金手机版,制定针对性方案。

 

保存介质:模拟物种生存环境

需要模拟物种生存环境或相应细胞系培养环境,制定取样、保存及运输方式。特殊样本由于自身特点,即便用好的保存介质也需要特殊处理,才能高质量保存。如:变态发育动物肺组织、脂肪组织,由于存在肺泡结构或高脂肪含量,在保存液中处于漂浮状态。

 

送样时间:避免远距离运输

远距离运输对部分类型,或者特殊处理的组织样本细胞活率影响较大(如:造模的缺氧神经类组织,关注免疫细胞的新鲜血样)。

 

送样温度:恒温

由于生存环境差异,对同样温度敏感有差异,所以保存温度的要求不能一概而论,需要针对性进行调整(如:粒细胞不喜欢低温刺激,特别是反复变温)。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

祝各位老师新年快乐,新年实验顺利,

成果丰硕!!! 

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