Engage to Life Energy
10x Genomics单细胞转录组测序应用成果集锦！
发布日期：2017-07-26浏览：
次
Cell Stem Cell：10x单细胞转录组测序应用于小鼠肠道干细胞以研究不同群体间的关系
肠道具有明显的再生潜力，肠道干细胞（ISCs）位于增生性隐窝，可产生祖系细胞，这些祖细胞具有多谱系细胞分化、维持稳态及创伤性再生的能力。作者对小鼠ISC群体进行10x单细胞转录组测序以研究不同群体间的关系。结果显示 multiple cycling ISC群体的转录组与 Lgr5+ISCs非常相似，但是Bmi1-GFP+细胞是不同的，含有丰富的内分泌（EE）标记，包括 Prox1。在体外Prox1-GFP+细胞会一直保持克隆生长，在体内谱系追踪结果显示Prox1+细胞在稳态维持和受到辐射损伤后会保持长期的克隆。细胞聚类分析将Prox1-GFP+细胞分成两个亚群，一个与成熟内分泌细胞（EE）类似，另一个的内分泌基因表达水平较低但是却与tuft细胞标记基因（Lgr5、Ascl2）共表达。本研究数据显示内分泌谱系细胞，包括成熟内分泌细胞，具有肠道干细胞活性。
参考文献：Yan K S, Gevaert O, Zheng G X Y, et al. Intestinal Enteroendocrine Lineage Cells Possess Homeostatic and Injury-Inducible Stem Cell Activity[J]. Cell Stem Cell, 2017, 21(1): 78-90. e6.
Development：10x 单细胞在泪腺发育中的研究应用
泪腺是一个能产生眼泪且对眼表面具有保护和润滑作用的管状器官。鉴于泪腺的多种特征使得泪腺成为研究管腺增生的优良模型，但是驱动泪腺形成的细胞类型和复杂的细胞谱系关系尚不清楚。作者运用10x单细胞测序技术揭示了泪腺发育基础中的新型细胞特征和上皮细胞谱系动力学。结果表明，泪腺在最早发育阶段是由免疫细胞、上皮细胞和间充质细胞系多个亚群组成。其中，在泪腺发育过程中上皮细胞的变化最大，上皮细胞通过一系列独特的转录状态转变成终末分化的腺泡细胞、导管细胞和肌上皮细胞。此外，作者对产后和成熟腺体进行细胞谱系追踪发现第一个细胞变化的直接证据是KRT5 +上皮细胞。最后，作者阐明支持利用小鼠来研究人类泪腺发育标记的观点。综合所有数据，结果揭示了泪腺发育的关键特征，这对理解上皮器官形成具有广泛的意义。
图：单细胞测序揭示泪腺发育过程中细胞组成、谱系多样性和上皮细胞谱系关系
参考文献：Farmer D J, Nathan S, Finley J, et al. Defining epithelial cell dynamics and lineage relationships in the developing lacrimal gland[J]. Development, 2017: dev. 150789.
BioRxiv：10x单细胞转录组测序鉴定18787个人类诱导多能干细胞的不同起始亚群
对于多功能细胞，转录表达谱是发现调控未分化状态关键基因和基因网络的中心。但是，对多能性细胞培养中体现出的细胞态异质性并没有转录水平上的描述。由于细胞间基因表达具有高度异质性，单细胞RNA测序(scRNA-seq)可以用来加深我们对个体多能细胞功能的理解。本文作者通过10x 单细胞转录组测序研究了18787个人WTC CRISPRi 人诱导多能干细胞。根据多能态，将人群分为四个亚群：静止(48.3%)，增殖(47.8%)，分化早期(2%)，分化晚期(1.1%)。研究人员确定了为每个亚群定义的新基因和其通路，并且开发了一个多基因预测模型对单细胞进行亚群分类。该研究为扩展对多能细胞复杂性的理解提供了一个基准单细胞数据集。
图：18,787个hipsc细胞鉴定为4个细胞亚群
参考文献：Nguyen Q, Lukowski S, Chiu H, et al. Single-Cell Transcriptome Sequencing Of 18,787 Human Induced Pluripotent Stem Cells Identifies Differentially Primed Subpopulations[J]. bioRxiv, 2017: 119255.
