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上课笔记|一种针对新诊断胶质瘤中 IDH1 突变体的疫苗
发布日期：2021-07-05浏览：
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文章概要
研究背景
实验结果分析
实验内容的第一部分，实验设计
实验内容的第二部分，IDH1-vac 安全且具有免疫原性
这张图，显示了每名患者接受的疫苗。对32名患者用了249次疫苗。
32名患者中，有29人是接受了8种疫苗。1个患者接种了7种疫苗。1个患者接受了6种疫苗。1个患者接受了4种疫苗。
接受疫苗的时间长度是从44天到162天，中值是155天。
观察期从153天到484天，中值是376天。
疫苗的剂量是300±30微克的多肽。这些多肽是经过灭菌的，并且没有内毒素。
这是监测患者的细胞因子变化的结果。
没有发现威胁生命的毒性。
患者中有29个人出现治疗相关不算严重的不良反应。
1个患者出现治疗相关的严重反应。
1个患者暂时中断了这项研究，原因是出现了治疗相关的不良反应。
21个不良反应是注射区域出现的不良反应。
28个人显示出IDH1疫苗引起的免疫反应。
其中26个人是有B细胞反应。
28个人是有HLA的免疫反应。这些反应不关联到HLA对IDH1（R132H）多肽的亲合力。
2个病人出现了非T细胞、也非B细胞的免疫反应。
这是5个病人中IDH1-vac引发的T细胞的MSS,MSS就是针对突变型蛋白的特异性。
可以看到，在IDH1（R132H）刺激下，有T细胞产生的占优势的TNF、inferferon-γ、白介素-17.
这说明，卷入进来的有T细胞中的亚类，TH1和TH17.
但是，没有观察到细胞素性T细胞产生的TNF或调节T细胞产生的IL-10.
MSS，也就是突变特异性分数，与原位靠近连接测试是有关系的。原位靠近连接测试就是PLA。
可以看到，图中MSS是与PLA的结果有一定的对应关系的。
实验内容的第三部分，IDH1-vac 安全且具有免疫原性
总的响应率，是84.4%
3年无进展率是63%，3年生存率是84%。
而两个没有显示出免疫响应的病人，在两年内出现病情的加重。
实验内容的第四部分，IDH1 特异性 T 细胞反应和假性进展
伪进展是指接受免疫治疗的患者的肿瘤因为免疫反应而变大，而不是因为肿瘤本身的增殖而变大。
在治疗组中，伪进展的比率是37.5%，也就是32个患者中有12个出现了伪进展。
相比之下，另一个分子特征一样的对照组的伪进展比率是16.7%，也就是60个患者中有10个出现了伪进展。
这张图就是显示脑部的肿瘤中的免疫反应。
没有显示出伪进展与年龄、切除的范围、或WHO的评级有关。
越长的观察期，就越偏向于能够观察到伪进展。
这是病人的伪进展情况。作者在没有响应的病例中，没有发现伪进展情况。
有伪进展的病人有最高的IDH1疫苗引起的周围组织的T细胞反应
这是回顾性地看，各个指标的预后效果。
这是甲基化水平，红色的是高甲基化的，蓝色的是低甲基化的。
左图是从首次确诊到死亡，右图是从首次确诊到病情有进展
我们可以看到高甲基化病人的生存率更低，低甲基化的病的生存率更高。
这是CDKN2A基因的缺失突变状态的预后效果。
红线是杂合子，或没有缺失，并且是按WHO定义的3级肿瘤
蓝线是杂合子，或没有缺失，并且是按WHO定义的4级肿瘤
绿线是缺失的纯合子。
我们可以看到，绿的，也就是CDKN2A的2个拷贝都有突变的人，生存期最短，
而红线，也就是杂合子，3级肿瘤生存期较长，
蓝线，也就是杂合子，4级肿瘤生存期是最长的
我陈巍对这个结果是有点吃惊的，原因是4级肿瘤是比3级肿瘤的恶性程度更高的，但是在这里，4级肿瘤的生存期比3级肿瘤的生存期长，所以让我感到吃惊
这里的两张图，是CDKN2A基因CNV突变状态+甲基化状态的预后结果
绿线，是CDKN2A的缺失突变纯合子
红线，是这个基因的有缺失突变，或没有突变，CNV突变的负担高
蓝线，是这个基因有缺失突变，或没有突变，CNV突变的负担低
我们可以看到，绿线代表的病人，生存期短，
红线代表的病人生存期较长，
蓝线代表的病人生存期最长
这是微卫星DNA稳定性在病人中的分布。这张图是按照微卫星DNA稳定性的升序进行排列的。
这是MSS与肿瘤进展、生存预后的关系。
红线是稳定性高于中值的病人，蓝线是稳定性低于中值的病人。
我们可以看到，蓝线的病人肿瘤进展更快，也更早死亡。
实验内容的第五部分，PsPD 中的特异性 T 细胞受体
在所有的有伪进展的病人中，只有ID08号病人，是接受了切除手术的。
作者对他的各种细胞中的IFN做ELISPot实验，以显示对IDH1（R132H）反应性T细胞。
结果如图所示，其中CMV巨细胞病毒和AdV腺病毒刺激PBMC的结果是作为阳性对照组的结果。
我们可以看到，IDH1（R132H）这组，是有明显的反应的。
而别的组没有明显的反应。
根据临床前数据和观察结果，即在体外产生活性细胞毒性细胞因子的 CD8 + LIL 和选择的 CD8 + T 细胞克隆型检索的 T 细胞受体 (TCR) 转基因细胞均不与 IDH1(R132H) 发生反应
我们关注CD4+ T细胞
单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 鉴定了ID08患者的伪进展病变内的三个 CD4 +T 细胞簇：调节性 T 细胞、活化的 CD40LG + CD4 + T 细胞和 CXCL13 + CD4 + T 细胞
发现CD40LG+ CD4+和CXCL13+ CD4+ T，这两个细胞簇都由TCR14 主导
总的来说，TCR14 是 CD4 + 中第四丰富的 TCR单个 T 细胞库，而前三种丰富的 CD4 + TCR（TCR11-13）在很大程度上缺乏 TCR14 的调节性 T 细胞上表达
TCR14富集在患者ID08的PSPD病变相比IDH1-VAC给药后该患者的外周血50.6倍
与来自患者 ID08 的自体抗原呈递细胞共培养的 TCR 缺陷人 T 细胞系中的转基因 TCR 表达表明 TCR14 与 IDH1(R132H) 反应
IDH1-vac 诱导了渗入切除病灶的 IDH1(R132H) 特异性 T H细胞的克隆扩增
总结
