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空间转录组文章解读专题直播汇总
发布日期：2021-04-20浏览：
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为更好的助力大家进行空间转录组测序研究，dafabet手机黄金版汇总了2020年使用空间转录组技术发表的文章，并在dafabet黄金手机版学院建立了空间转录组文章解读专题直播课，到目前为止，直播已更新11期，获得2000+的观看量。
小编把这些直播课程汇总了一下，对空间转录组测序技术感兴趣的老师可以扫描下方二维码或点击下方图片链接报名观看。
脑神经的空间转录组分析
2020年3月，全球首篇使用10x Genomics 的商用Visium空间转库组测序技术的文章由Kristen R. Maynard发表在 BioRxiv的预印文章《Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex》标志着10x Genomics Visium空间基因表达解决方案开启了新的篇章。
在本次直播课中，陈巍老师将和大家一起解读这篇文章，分享大脑皮层在不同的位置的特异的基因表达。
胰腺导管腺癌的空间转录组分析
美国纽约大学Itai Yanai团队利用基于微阵列的空间转录组学和单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了胰腺导管腺癌的组织结构。2020年1月13日，《自然—生物技术》杂志在线发表了这项成果：《Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas》作者将多模式相交分析应用于原发性胰腺肿瘤，发现导管细胞，巨噬细胞，树突状细胞和癌细胞的亚群具有空间受限的富集，以及与其他细胞类型的独特共富集。
空间转录组学和原位测序研究阿尔茨海默氏病
科学家在小鼠和人脑上进行空间转录组学和原位测序相结合，证明了阿尔茨海默氏病中的多细胞基因共表达网络，其中两个是通过积累淀粉样蛋白斑块诱导的。确定了一个斑块诱导基因网络，主要涉及小胶质细胞和星形胶质细胞以及少突胶质细胞基因和髓鞘反应。
人鳞状细胞癌成分和空间结构的多模式分析
通过对皮肤鳞状细胞癌的单细胞测序、空间转录组和多路离子速成像的多模式分析，发现了一种肿瘤瘤特有的肿瘤特异性角质形成细胞群体（TSK）。多模式分析发现，TSK是细胞间信息交流的枢纽。分析观察到潜在的免疫抑制的多种特征，包括在分隔的肿瘤基质中与CD8 T细胞处于同样位置的T调节细胞。最后，对xenograft细胞的表征和体内CRISPR筛查，确认了肿瘤细胞亚群中富集的基因网络在肿瘤发生的中的重要作用。
流感感染中旺盛的成纤维细胞活性通过ADAMTS4损害肺功能
严重的呼吸道感染可导致急性呼吸窘迫综合征。尽管宿主的炎症反应限制了病原体的扩散并最终清除了病原体，但免疫病理学是导致组织损伤和导致急性呼吸窘迫综合征的主要因素。科学家证明呼吸道病毒感染诱导了不同的成纤维细胞活化状态，这被称为细胞外基质（ECM）合成，损伤反应和干扰素反应状态。在严重的流感病毒感染期间，损伤反应性肺成纤维细胞的过度活性会导致致命的免疫病理变化。通过产生ECM重塑酶和炎性细胞因子，损伤反应性成纤维细胞修饰肺微环境，以促进健壮的免疫细胞浸润，但以肺功能为代价。
TGFβ阻断剂揭示成纤维细胞子集的存在，展示了肿瘤的基质可塑性
Viviana Cremasco的团队对肿瘤间充质细胞进行了无偏的研究，描绘了在小鼠癌的微环境中，与癌症相关的成纤维细胞（CAF）的不同子集的共存，每一个都有独特的表型特征和功能。此外，研究表明，体内TGFβ的中和会导致CAF动态的重塑，从而大大降低成肌纤维细胞亚群的频率和活性，同时促进以对干扰素的强烈反应和增强的免疫调节特性为特征的成纤维细胞群的形成。
重新填充小胶质细胞以依赖IL-6的方式促进大脑修复
JanaVukovic科研团队针对小鼠脑外伤后海马体内神经元修复的研究发现，重新填充小胶质细胞可以减轻学习障碍并刺激神经发生，并可以积极调节受伤脑部的微环境，小胶质细胞繁殖可诱导神经元中的IL-6并介导神经保护。
前列腺癌代谢基因表达的空间模型揭示了广泛的异质性和选择性薄弱点
Walter L. Ruzzo团队对前列腺癌微环境进行了空间分辨的代谢网络建模。发现了小分子化合物可靶向的新型恶性细胞特异性代谢漏洞。作者预测，基于对脂肪酸合成和去饱和的空间分离的发现，抑制脂肪酸去饱和酶SCD1可能会选择性杀死癌细胞。作者还预测抑制前列腺素转运蛋白SLCO2A1可能会选择性杀死癌细胞。
肾脏对内毒素的精细协调的细胞和分子反应确定了精确的败血症时间表
Pierre C Dagher的团队以小鼠为模型，用单细胞RNA测序和空间转录组揭示了败血症过程中肾脏各种细胞群体在参与的时间上是有组织的且高度协调的。小鼠败血症中肾脏细胞这种严格的时空协调揭示了精确的生物标志物和靶标，这些标志物和靶标可以为治疗人类败血症提供研究方向。
新生小鼠大脑的空间分辨区域和细胞类型特异性图谱
跨大脑区域的剪接各不相同，但尚不清楚区域变异的单细胞分辨率。作者对出生后第7天的小鼠海马体和额叶前皮层中的单细胞长时间读取测序，对大脑区域之间的差异同工型表达进行了单细胞研究。空间转录组学和长期阅读测序产生了空间分辨的剪接图。作者的方法以细胞类型和空间分辨率对同工型表达进行定量，这有助于进一步了解大脑如何整合分子和细胞复杂性。
单细胞分辨率下人类肠道发育的时空分析
Alison Simmons的团队将单细胞RNA测序和空间转录组学联系起来，以表征随时间变化的肠道形态发生。确定101个细胞状态，包括上皮和间充质祖细胞群以及与关键形态发生学里程碑相关的程序。描述了隐窝-绒毛轴形成的原理。神经，血管，间充质形态发生和发展中肠道的免疫种群。作者确定发展成纤维细胞和成肌纤维细胞亚型的分化层次，并描述这些功能的多样化，包括作为血管利基细胞。作者用资源来呈现形态发生素梯度的无偏分析，该序列指导细胞分化的连续波并定义与罕见的发育性肠道疾病相关的细胞和位置。
