Engage to Life Energy
7月我们一共放送了4次直播课程,每节课都引起了老师和同学们的热烈的反响,小编特别整理了直播课程的回放视频,供大家回顾。大家可以挑选自己感兴趣的课程,点击蓝字或者图片进入课程学习哦!
01
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利用10x Genomics官方分析流程及软件(Space Ranger & Loupe Browser),可将细胞分群信息及其空间定位相结合,深入探索不同空间定位下特定细胞亚群的生物学功能。
通过了解Space Ranger的基本原理、主要命令及重要参数,我们可以对分析结果进行更深入地解读。此外,在空间转录组分析中经常遇到的问题及经验,比如图片基准点被组织覆盖,spots位点无法识别,如何通过Loupe Browser进行manual alignment人工校正等,都将在本次直播课中得到详细解答。
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如何进行跨平台的数据整合是单细胞分析当前面临的挑战之一,比如针对相同或近似样本的10X Chromium单细胞和Visium空间转录表达数据,考虑它们存在一定的关联性,通过整合分析的视角可更好地了解样本的各种细胞类型组成和空间分布。
本次讲座对Seurat的Label Transfer(标签转移注释)和Multimodal Intersection Analysis (多模态数据特征交集分析)这两种常用方法的核心思想和实现过程进行详细讲解。
03
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LIBRA-seq是Ian Setliff等科学家开发出的一种全新的制备单克隆抗体的方法。相关论文的题目是《High-Throughput Mapping of B Cell Receptor Sequences to Antigen Specificity》
这个方法的原理把目标抗原群加上DNA链标签,用10x单细胞测序技术对经过免疫刺激的B细胞和对应带DNA标签的抗原群同步做单细胞测序。
这样一方面得到了配对的抗原重链和轻链基因序列信息,同时又得到了对应的靶抗原信息。再结合基因工程就可以生产出单克隆抗体。
本次直播课上,由《陈巍学基因》创始人陈巍老师为大家解读LIBRA-seq这项新技术。
04
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CITE-seq是Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing的首字母缩写。CITE-seq在传统的10x单细胞RNA测序的基础上,增加了针对细胞表面蛋白的检测,方法是增加带有DNA条形码标签的抗体一并做检测,以得到更全面更丰富的细胞信息。
在本次直播课中,陈巍老师将继续带大家解密:同时检测RNA和细胞表面蛋白的单细胞测序——CITE-seq
基于Space Ranger实现空间转录组数据分析
02
对于scRNA和ST数据的两个整合分析策略
LIBRA-seq 快速高效制备单克隆抗体的方法
CITE-seq|同时检测RNA和细胞表面蛋白的单细胞测序
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