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转录组客户文章三连发~~
发布日期：2018-12-10浏览：
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目前，转录组测序(RNA-seq)正以一种高效、快捷的研究手段改变人们对转录组的认识。如有参考基因组序列，可以把转录本映射回基因组；获得剪切情况，转录位置等更全面的遗传信息。现已广发应用于生物学研究、医学研究和药物研究等。
dafabet手机黄金版转录组测序(RNA-seq)项目已有多年经验，小编整理了三篇“mRNA –seq”的客户文章，带大家一起探探转录组测序研究动态。
客户文1
Symptoms of systemic lupus erythematosus are diagnosed in leptin transgenic pigs
系统性红斑狼疮症状出现于瘦素转基因猪中
发表期刊： PLoS biology（IF: 9.797）
发表日期：2018年8月
研究单位：中南大学
研究结果：瘦素在自身免疫性疾病的发展中起关键作用，并证明转基因瘦素猪可以作为SLE的有价值模型。
为进一步探索瘦素的免疫学作用，研究者开发了一种由猪瘦素（pleptin）启动子控制的转基因瘦素猪，以过表达瘦素。在组织学和血清免疫学水平上与SLE相关症状比对，发现瘦素在自身免疫性疾病的发展中起关键作用，并证明转基因瘦素猪可以作为SLE的有价值模型。通过RNA深度测序分析发现瘦素过表达的猪在该疾病的多个方面表现出与人SLE非常相似。显然，该研究支持瘦素和SLE症状之间的关联。
瘦素过表达猪疾病表现及相关症状人SLE非常相似
客户文2
Alternative Splicing Plays a Critical Role in Maintaining Mineral Nutrient Homeostasis in Rice (Oryza sativa)
选择性剪接在维持水稻（Oryza sativa）矿质营养平衡中发挥着关键作用
发表期刊： The Plant Cell（IF: 8.688 ）
发表日期：2018年9月
研究单位：南京农业大学
研究结果：选择性剪接（AS）在调节水稻矿质营养稳态中具有关键作用。
研究人员对水稻（Oryza sativa）根进行全转录组RNA测序，发现水稻基因组约53.3%含多个外显子的基因存在可变剪接（AS），这些发生差异可变剪接的基因很少会发生差异表达，并且具有很高的元素特异性。为确定AS在元素代谢中的调控作用,对SR基因突变体分析显示三种SR蛋白编码基因调节水稻叶片和芽之间的P吸收和再活化，证明AS在调节矿质营养稳态中起关键作用。
AS在调节矿质营养稳态中起关键作用
客户文3
CHI3L1 promotes tumor progression by activating TGF-β signaling pathway in hepatocellular carcinoma
CHI3L1通过激活肝细胞癌中的TGF-β信号通路来促进肿瘤进展
发表期刊： Scientific reports（IF: 4.259 ）
发表日期：2018年10月
研究单位：浙江大学
研究结果：通过调节细胞周期促进癌细胞增殖；
- CHI3L1促进癌细胞的侵袭和转移；
- CHI3L1调节肝癌TGF-β信号通路；
- CHI3L1具有激酶活性或激活激酶以磷酸化SMAD2，SMAD3（TGF-β信号转导中重要通路SMAD的信号分子）。
CHI3L1（YKL40）是一种分泌型糖蛋白，血清CHI3L1水平升高已被证实与许多人类癌症预后不良有关。研究人员使用肝细胞癌作为模型来研究CHI3L1的功能，发现在体内和体外，CHI3L1的过表达可促进肝癌细胞的生长，迁移和入侵。通过RNA-seq发现分析CHI3L1过表达影响参与细胞 - 细胞粘附，细胞外泌体和粘附连接的基因，而蛋白质印记分析则进一步揭示其可激活TGF-β信号通路。
CHI3L1在体内外促进癌细胞增殖，转移，侵袭
蛋白印记分析揭示CHI3L1可激活TGF-β信号通路。
参考文献
1. Symptoms of systemic lupus erythematosus are diagnosed in leptin transgenic pigs[J]. PLoS biology, 2018, 16(8): e2005354.
2. Alternative Splicing Plays a Critical Role in Maintaining Mineral Nutrient Homeostasis in Rice (Oryza sativa)[J]. The Plant Cell, 2018: tpc. 00051.2018.
3. CHI3L1 promotes tumor progression by activating TGF-β signaling pathway in hepatocellular carcinoma[J]. Scientific reports, 2018, 8(1): 15029.
