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转录组客户文章|水产生物研究知多少？
发布日期：2018-10-12浏览：
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我想大家对斑马鱼应该都不陌生吧！作为模式生物经常用于科学研究，为科研做出过不小贡献。但绝大多数的水产生物还尚不为人知。
随着近年来水产事业的蓬勃发展，水产经济物种的研究受到重视，通过提高物种的肉质、产量、育种率，降低疾病发生率等措施，使养殖利润大大增加。二代测序技术（NGS)）的兴起能够帮助科研人员快速了解水产物种的基因组、转录组等组学信息，从而加速水产物种的研究。今天小编选了几篇客户文章，为大家叙叙水产生物的研究动态~~
客户文 1
Transcriptome analysis of the spleen of the darkbarbelcatfish Pelteobagrus vachellii in response to Aeromonas hydrophila infection
杂志：Fish and Shellfish Immunology
IF: 3.14 发表日期：2017.09
研究背景:
集约化水产养殖会增加鱼类对气单胞菌的感染几率，造成严重的经济损失。研究无鳞鱼类对气单胞菌的防御机制的研究很少报道，因此本文作者研究了瓦氏黄颡鱼感染气单胞菌后脾脏的转录表达谱。
结果分析：
1）气单胞菌感染后，27803个差异基因被鉴定，其中13934个上调，13869个下调表达。
2）功能富集分析显示这些差异基因参与了toll受体通路、B细胞受体通路、自然杀伤细胞调节的通路等。
3）从以上通路中，挑选出59个免疫相关的差异基因，它们可编码补体成分、白介素、干扰素等。随机选择9个基因进行qRT-PCR 验证，结果与测序一致。
图1 RNA-Seq和qRT-PCR的基因表达情况
结论:
在瓦氏黄颡鱼肾脏中，补体成分、干扰素和Fcγ介导的吞噬作用对气单胞菌的感染起重要作用。
客户文 2
GeneExpression Patterns Regulating Embryogenesis Based on the Integrated DeNovo Transcriptome Assembly of the Japanese Flounder
杂志： Comparative Biochemistry and Physiology - Part D: Genomics and Proteomics
IF:2.25 发表日期：2017.01
研究背景:
牙鲆是重要的海洋经济鱼类之一，然而对牙鲆胚胎发育及早期发育的分子生物学还不了解，因此作者通过转录组测序研究牙鲆早期胚胎发育的分子机制。
结果分析：
1） 取未受精卵到孵化41天后的胚胎，通过de novo 组装获得121513条转录本（≥200bp）。
2） 通过比对未受精卵和原肠胚组织，得到24837个差异表达的转录本，其中5286个是有注释信息的。
3）随机选择20个差异表达基因进行qRT-PCR 验证，结果与测序一致。
4）对差异基因进行富集分析，显示主要富集在各种代谢通路和生物合成通路中。
图2 A. qRT-PCR结果 B. RNA-seq结果
结论：
作者找到了母系特有基因、合子特有基因以及母系-合子共有基因，有助于理解胚胎发育的分子机制。
客户文 3
De novo assembly and characterization of the Chinese three-keeled pond turtle (Mauremys reevesii) transcriptome: presence of longevity-related genes
杂志： PeerJ IF：2.18 发表日期：2016.05
研究背景:
长寿一直是人们关注的，针对人类和模式生物已做过大量研究，对长寿的分子机制也有了一些了解，比如端粒结构的维持。草龟广泛分布在中国，韩国和日本，是研究长寿的理想模式生物。
结果分析：
取3个草龟个体脾脏、肝脏和骨骼肌的组织进行de novo RNA测序，通过分析找到一些与端粒酶有关的基因--tert, tep1，trf1, trf2, tpp1, pot1, tin2, rap1。这些基因可保护染色体末端不退化，有助于草龟长寿。
结论：
通过de novo RNA测序找到与长寿有关的基因，主要与端粒酶的功能有关，为研究草龟长寿的分子机制提供线索。
参考文献
[1] Qin C, Gong Q, Wen Z, et al. Transcriptome analysis of the spleen of the darkbarbel catfish Pelteobagrus vachellii in response to Aeromonas hydrophila infection[J]. Fish & Shellfish Immunology, 2017.
[2] Fu Y, Jia L, Shi Z, et al. Gene expression patterns regulating embryogenesis based on the integrated de novo transcriptome assembly of the Japanese flounder[J]. Comparative Biochemistry and Physiology Part D: Genomics and Proteomics, 2017, 22: 58-66.
[3] Yin et al. (2016), De novo assembly and characterization of the Chinese three-keeled pond turtle (Mauremys reevesii) transcriptome: presence of longevity-related genes. PeerJ 4:e2062; DOI 10.7717/peerj.2062.
