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新研究发现相关基因的拷贝数变异影响药物代谢
发布日期:2017-11-10浏览:
药物不良反应中遗传因素占20%至30%,SNV的遗传变异已证实与药代动力学相关,但CNV的作用尚不清楚。
 
西班牙国家癌症研究中心的研究团队利用千人基因组计划(1000 Genomes Project)和ExAC(Exome Aggregation Consortium)的数据,分析影响200多种已知药物基因的CNV。 相关结果发表在10月26号的Genetics in Medicine杂志上
 
研究人员发现了大部分基因新的缺失和重复,并且许多CNV中都是针对特定人群的。研究人员在论文中写道:“我们在这里展示了新的CNV显著促进了相关药物基因的功能,进一步增加了药物遗传复杂性,对药物反应和毒性的预测具有重要意义”。 
        
研究人员利用ExAC和1000 genome研究的全外显子组和全基因组数据,对208个涉及药物代谢动力学的基因进行了生物信息学分析,发现其中有97%的基因存在新的CNV。 共计鉴定出5589种新CNV,其中略少于半数为缺失型(Deletions),多于半数为重复型(Duplications)。
 
         六个人群中208种药物基因的新缺失型和重复型总览
 
研究人员发现大多数的缺失具有人群特异性。 CYP2C19最常见的Deletion在芬兰人群中的最小等位基因频率(MAF)为1.1%,非洲人群中的MAF为0.9%,东亚人群为0.4%。与此同时,CBR3和CYP2B6频率最高的Duplication在芬兰人群的MAF分别为0.7%和0.4%。
 
Rodriguez-Antona和她的同事使用Sanger测序证实了新发现的一小部分缺失,并进一步对来自西班牙的1,080人,芬兰465人和日本的590人进行了三个基因CYP2C19,CYP4F2和SLCO1B3的CNV基因分型。
 
他们发现CYP2C19外显子1-5缺失在芬兰人群中的MAF为0.43%。 研究人员指出,CYP2C19参与了许多药物的代谢,并被列入美国食品和药物管理局药物给药指南,包括西酞普兰,氯比妥,氯吡格雷,依他普仑和弗来西林等。
 
同时,CYP4F2全基因缺失在日本人群中的MAF为1.61%,高于东亚MAF 0.36%,研究人员表示,这可能反映了缺失的人群特异性分布。
 
此外,SLCO1B3外显子9-13缺失在西班牙人群中的MAF为0.53%。 SLCO1B3编码OATP1B3,它有助于清除胆红素并参与其他药物的运输。 研究人员指出,这一缺失的MAF西班牙人比芬兰人高五倍,这归因于人口特异性差异。
 
这些结果显示,综合考虑Rodriguez-Antona和她的同事们在CNV研究中得到的数据可以帮助确定哪些药物治疗可能对某些患者最有效。  
 
参考文章:Novel copy-number variations in pharmacogenes contribute to interindividual differences in drug pharmacokinetics. doi:10.1038/gim.2017.156
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