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客户文章丨H6N6亚型禽流感病毒的遗传特征及其进化
发布日期：2023-01-12浏览：
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文章概要：
禽流感是由禽流感病毒（Avian Influenza viruses，AIVs）引起的以呼吸系统病变或全身败血症为特征的禽传染病。目前，H6亚型AIVs已成为不同大陆野生鸟类和家禽中传播的最主要的病毒亚型之一，且它们可与不同的病毒亚型重组。有研究表明，H6亚型AIVs可以跨越物种屏障感染包括人类在内的哺乳动物。因此，对AIVs变异的广泛监测对于了解流感病毒流行病学是必要的。本文通过2021年新分离的一株H6N6亚型AIV毒株ZJ49，分析了H6亚型AIVs的遗传进化、重组和受体结合位点突变，探究了其遗传进化规律和分子特征，研究结果表明了H6N6亚型AIVs可能会跨物种传播并与高致病性病毒重组。
技术路线：
研究结果：
1. H6亚型流感病毒的空间分布
通过检测浙江采集的923份家禽咽拭子和肛门拭子，作者从中分离出一株鸡源性H6N6病毒（A/chicken/Zhejiang/49/2021，ZJ49）。结合从数据库收集的2063个H6NX基因组序列，作者进行了H6NX亚型AIVs的空间分布分析。通过最大似然法进行的系统发育分析表明，基于HA基因确定了13个遗传上不同的组，ZJ49分离株位于G12组；基于NA基因将H6亚型AIVs分为N6.1和N6.2两个初级分支，ZJ49分离株位于以H5N6亚型AIVs为主的N6.2e分支。根据基于H6N6内部片段构建的ML树，H6N6亚型AIVs主要在中国流行。
2. H6亚型流感病毒的时间分布
接下来作者使用TempEst探索序列比对中的时间信号，发现遗传差异与采样时间呈正相关，似乎适用于贝叶斯的系统发育分子钟分析；垫脚石和路径采样估计方法表明贝叶斯天际线是最佳拟合模型。由于样本数量增加，H6亚型AIVs的有效数量大小在1990年前后增加，2015年前后达到峰值，2015年后下降，2018年后保持在稳定水平。
3. H6N6亚型AIVs的重组分析
作者从GenBank收集了总共37个HXN6基因组序列进行重组分析，结果显示，H6N6亚型AIVs和H5N6亚型AIVs重组频繁。为了探索ZJ49分离株的重组事件，作者整合了与ZJ49基因接近的序列以进行重组预测，结果显示ZJ49全基因组序列与H6N6亚型AIVs相似度最高，但ZJ49的PB2和PA基因更接近H5N2，NA基因更接近H5N6。此外，作者也使用了其他方法检测ZJ49的重排，结果表明ZJ49分离株与H5N6和H5N2发生基因重排。综上，ZJ49基因与H5亚型AIVs重组的可能性很高。
